沈昌祥院士從事計算機信息系統、密碼工程、信息安全體系結構、系統軟件安全（安全操作系統、安全數據庫等）、網絡安全等方面的研究工作。先后完成了重大科研項目二十多項，取得了一系列重要成果，曾獲國家科技進步一等獎2項、二等獎3項、三等獎3項，軍隊科技進步獎十多項。這些成果在信息處理和安全技術上有重大創造性，多項達到世界先進水平，在全國全軍廣泛應用，取得十分顯著效益，使我國信息安全保密方面取得突破性進展。
被授予“海軍模范科技工作者”榮譽稱號，評為國家有突出貢獻中青年專家，曾當選為七屆全國人大代表，1996年獲軍隊首屆專業技術重大貢獻獎。1995年5月當選為中國工程院院士。2002年榮獲國家第四屆"光華工程科技獎"
現任國家三網融合專家組成員，國家集成電路產業發展咨詢委員會委員，中央網信辦專家咨詢委員會顧問，國家保密戰略專家咨詢委員會主任委員，國家信息安全等級保護專家委員會主任委員，國家密碼管理委員會辦公室顧問，公安部特聘專家，“金盾工程”首席顧問。曾任首屆教育部信息安全類教學指導委員會主任，也是清華大學、北京大學、國防科技大學、浙江大學、上海交通大學等多所著名高校博士生導師。
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